In der Küche wird Thymian sowohl in einfachen als auch in aufwendigen Rezepten verwendet. Er ist eine Schlüsselzutat in Eintöpfen, Braten, Marinaden und Suppen, da er sein Aroma auch bei langen Garzeiten gut bewahrt. In der mediterranen Küche wird er gerne zu Fleisch, Fisch und Gemüse gegeben, um deren Geschmack zu verstärken, ohne sie zu überdecken. Zudem ist er ein wichtiger Bestandteil von Gewürzmischungen wie den Kräutern der Provence und dem klassischen Bouquet Garni der französischen Küche. Interessanterweise gehört Thymian zu den wenigen Kräutern, deren Aroma durch das Trocknen noch intensiver wird, weshalb er als Grundgewürz in jeder Vorratskammer gilt. Darüber hinaus wird er häufig zur Konservierung von Lebensmitteln und zur Aromatisierung von Ölen verwendet, wodurch Käse, eingelegtes Gemüse und Olivenöle eine besondere Geschmacksnote erhalten.